Wie die Pflanzenwelt ist auch die Tierwelt oberhalb des Meeresspiegels artenarm. Neben den Geckos dürften Touristen in erster Linie die Flughunde auffallen. In der Abenddämmerung kann man sie im Wald beobachten, wenn sie auf der Suche nach essbaren Früchten sind. Auf unbewohnten Inseln finden sich Blindschleichen und Nattern, die sich von Eidechsen und Geckos ernähren, und mit etwas Glück kann man einen Frosch beobachten. Vielfältiger ist die Vogelwelt. Man nimmt an, daß etwa 120 verschiedene Arten auf den Inseln leben. Schildkröten, Geckos und Schlangen sind Reptilien, die nur einem sehr aufmerksamen Urlauber auffallen.

Geckos wird nur finden, wer auf ein klimatisiertes Zimmer verzichtet, denn aus der Kälte eines solchen Raumes flüchten sie. Sobald das Licht eingeschaltet wird, kommen sie dagegen in offene und winddurchlässig gebaute Zimmer und lauern nahe der Lichtquelle auf Insekten. Diese in Divehi Hoanu genannten scheuen und völlig ungefährlichen Tiere an der Zimmerdecke und an den Wänden werden den Urlaubern nicht näher als 2 m kommen. Je mehr von ihnen im Zimmer sind, desto weniger Insekten gibt es. Geckos leben natürlich auch in den Wäldern und Gärten, sind dort aber wegen ihrer angepassten Färbung nur mit einem geübten Auge zu entdecken. Dort findet man auch die Indische Schönechse.

Die beiden Schlangenarten der Malediven sind auf den Urlauberinseln ausgestorben, da die Vegetation dort nicht dicht genug ist. Beim Besuch unbewohnter Inseln kann man sie hingegen hin und wieder sehen. In Feuchtgebieten der mit Gestrüpp, Palmen und Schraubenpinien bewachsenen, wilden Inseln findet man schließlich die Schwarznarbenkröten. Bei dem Maledivern wird sie Bobs genannt und bereichert gelegentlich den Speisezettel.

Eine auffällige Vogelart ist auf vielen Inseln ein schwarzer Rabe, genannt Kaalhu. Indische und singhalesische Seefahrer nahmen die Tiere auf ihre Schiffe mit und ließen sie frei, wenn sie glaubten in der Nähe eine Insel oder das Festland zu sehen. Wenn die Raben orientierungslos umher flogen und nach kurzer Zeit zurückkehrten, war kein Land in der Nähe. War jedoch eine Insel oder eine Festlandküste nahe, flogen sie direkt darauf zu. Das Schiff konnte folgen und fand so den direkten Weg zum nächstgelegenen Ufer. Lediglich im Addoo Atoll südlich des Äquators findet man weiße Feenseeschwalben mit ihren schwarzen Augen und dem spitzen schwarzen Schnabel. Bussarde, Falken und Weihen machen auf ihren Wanderungen von im Winter kalten Regionen in den Süden immer wieder auf den Inseln Station, zahlreiche weitere Vögel bleiben sogar die Wintermonate dort. Entlang der Inselstrände findet man verschiedene Reiherarten, die sich von jungen Fischen im flachen Küstenwasser ernähren. In einzelnen Exemplaren findet sich in den südlichen Atollen auch der große Fregattvogel, der vermutlich von den Seychellen herübergekommen ist und dort in großer Zahl vor allem im Aldabra Atoll lebt.